本发明提供了一种柔性直流配电线路波速度测量方法及系统，包括以下步骤：S1、换流器启动，通过阶梯调节出口母线直流电压产生电压行波；S2、记录换流器的出口母线测量点和沿线各个测量点检测行波到达的时刻；S3、根据测量点间的物理间隔以及各个测量点行波到达的时刻计算得出任意前后两个测量点之间的波速度；S4、通过检测多次电压行波，计算出相应的波速度，取多次计算结果的平均值作为最终结果。本发明解决了传统方法中根据线路参数计算波速度不准确的问题，实现了在线对柔性直流配电线路的波速度测定，提升了需要波速度信息的行波故障测距精度。