本申请公开了一种新能源轨道机车整车控制系统和方法，系统包括供电电源、机车整车控制器TCU、驱动扭矩计算模块和制动扭矩计算模块。本发明通过基于ARM‑FPGA‑DSP多架构多核心硬件结构策略，有效解决了现有整车控制器输入输出能力不满足新能源轨道机车运行需求的问题，实现高精确度的多路开关输入、多路模拟输入采集，实现高驱动能力的多路高边输出、多路低边输出。系统可以将捕获到的CAN总线运行报文以文件的格式存储在EMMC当中，弥补了系统及模块级别的故障诊断方案的不足；在提升系统运行性能的同时，有效解决了各部件因通讯逻辑故障而导致的系统性故障的诊断难题，有利于保障系统运行稳定性。