本发明公开一种基于特征的CT图像和超声图像肝脏配准方法，先对CT进行图像预处理并从中提取肝脏器官轮廓特征；采集超声图像并从中提取肝脏器官轮廓特征；再根据肝脏器官面积特征对CT图像和超声图像进行快速粗匹配，筛选出若干张候选CT切片；后将候选CT切片与超声图像逐一进行配准，得到空间变换矩阵，并以此将候选CT切片变换到超声图像坐标系下，通过计算变换后的候选CT切片与二维超声之间的图像相似性，得到与二维超声精确匹配的CT切片。本发明能够提高配准的精度和效率。