本发明公开了一种有序化Pt/双金属MOF基燃料电池催化层及其制备方法。该催化层的制备方法如下：S1.将有机配体溶液和两种不同金属粒子的金属盐溶液混合，得到前驱体溶液；S2.将预处理后的碳材料放入前驱体溶液中，室温静置一段时间后，取出碳材料冲洗干净，经高温碳化后在碳材料上形成有序化双金属MOF基纳米阵列；S3.将载有双金属MOF基纳米阵列的碳材料加入到含铂溶液中进行水热反应，得到有序化Pt/双金属MOF基催化层。本发明通过将Pt纳米颗粒负载在有序的双金属MOF阵列上，不但增大了表面积，避免孔结构发生坍塌，增强耐久性，而且降低了膜电极在大电流密度下的传质阻力，实现了高效的三相传输，提高了电化学性能。