本发明公开了一种基于导航定位系统的校准器及其校准方法，涉及定位辅助设备领域，包括：基座，基座的两端分别设置有第一定位机构和第二定位机构，第一定位机构与第二定位机构的尺寸不相同；支架，与基座的一侧固定连接，支架包括至少三个接收机构，接收机构用于接收导航定位系统的定位信号；该校准器通过两个定位机构与待校准设备的基准面进行接触，然后采集多个接收机构的位置数据，就能得到待校准设备的实际坐标位置与出厂坐标位置的偏差，记录并调整待校准设备，消除存储和运输中产生的误差，保证导航定位系统最终执行结果的精度。