本发明公开了一种基于AIE材料快速检测新型冠状病毒Omicron毒株的荧光生物传感器及其应用。本发明提供的荧光生物传感器包括TFO‑AIE探针、分子信标MB、发夹探针H1、发夹探针H2；其中，TFO‑AIE探针由修饰有氨基的寡核苷酸链与修饰有羧基的AIE有机小分子化合物通过酰胺键连接而成。本发明提供检测新型冠状病毒Omicron毒株的荧光生物传感器，能缩短检测时间，简化检测流程的同时提升灵敏度和特异性，在0～4.0×10‑7mol/L范围内呈良好的线性关系，检出限为1.765nmol/L，R2为0.9976，具有易操作、耗时短、高灵敏度和特异性等特性。