本发明提供了一种用于永磁轨道的伸缩缝补偿装置及补偿方法，涉及磁浮轨道交通领域。本装置包括：固定单元，固定单元包括第一永磁单元和第一安装板；补偿装置，补偿装置包括第二永磁单元、第二安装板、直线电机和距离传感器，第二安装板的一端与一个固定单元的第一连接端固定连接，第二安装板的另一端与另一个固定单元的第二连接端接触，第二永磁单元在靠近第二连接端的一侧设置有补偿端，距离传感器设置在第二连接端，距离传感器用于检测补偿端至第二连接端的伸缩缝，直线电机与距离传感器通过控制装置电气连接。本装置一方面能够保证伸缩缝的稳定补偿，另一方面能够适用于有变化需求的承载装置上，提高了使用的通用性。