本发明公开一种基于边际因果先验知识约束的循证医学推理方法及系统，包括：获取待分析疾病相关的危险因素以及危险因素相关的先验知识；以危险因素为节点构建完全无向图，以先验知识为约束，确定危险因素间的边际因果关系，从而构建因果网络图，以此得到待分析疾病的循证医学推理结果。将边际因果先验作为因果网络结构中的约束条件，把边际因果先验关系和基于数据的条件独立性检验相结合，对若干个疾病相关的危险因素判断边际因果关系，从而确定与疾病直接相关的因素和与疾病相关但不存在直接因果关系的中间变量。