本发明公开了一种用于极地冰层采样的软体机器人系统及其工作方法，应用于极地钻探技术领域，包括软体机器人和冰面工作平台；软体机器人包括冰下钻进软体和冰面密封软体；冰下钻进软体包括软体主体一和设置于软体主体一前端的热融模块；冰面密封软体包括软体主体二；软体主体一和软体主体二均设置有中空通道，中空通道两侧的软体主体一内设置有若干气腔；冰面工作平台包括气压系统、管线系统、储水系统和主控制器；主控制器电连接气压系统，气压系统管路连接管线系统，管线系统管路连接储水系统和气腔；管线系统穿过中空通道串联软体主体一和软体主体二。本发明满足无人钻探、采样位置可灵活选择、无复杂机械结构、超深钻探推进阻力小的现有需求。