本发明公开了一个由拟轮枝镰孢(Fusarium verticilloides)引起的玉米穗腐病(Fusarium ear rot,FER)抗性主效QTL及其连锁的分子标记。玉米抗穗腐病的主效QTL位点，位于玉米7号染色体7.01‑7.02bins上约1.73Mb的物理区间内，该主效QTL能解释11.76‑18.02％的表型变异率。有3个SNP分子标记与之紧密连锁，分别是Zyf788，Zyf792和Zyf7105。本发明所述的玉米穗腐病抗性主效QTL及其连锁的分子标记在筛选或鉴定抗穗腐病玉米品种中的应用。本发明有助于克服玉米抗病育种工作中对穗腐病抗性的鉴定存在成本高、时间长等特点，大大加快我国高抗穗腐病玉米新品种的培育与产业化进程。