本发明提供一种制冷剂充注控制系统，制冷剂充注控制系统包括存储罐、真空泵、制冷剂管路、气液分离器、流量计、阀门、加热器、控制器等。制冷剂管路的输入端连接于存储罐，输出端连接于外部制冷系统；制冷剂管路连通真空泵，用于充注前排空制冷系统残余空气。制冷剂在存储罐内压作用下输入至外部制冷系统；制冷剂管路还连接有气液分离器、流量计、第一截止阀和第二截止阀；第一截止阀靠近存储罐，第二截止阀靠近外部制冷系统，此时，气液分离器将经存储罐输出的制冷剂进行气液分离，并允许处于液态的制冷剂进入至流量计，且对气态的制冷剂进行阻断，避免气液混合体对流量计的影响。