本发明提供基于峨九香提取液的可灭活冠状病毒的组合物及其应用，涉及冠状病毒灭活技术领域。该基于峨九香提取液的可灭活冠状病毒的组合物，所述组合物包括季胺类化合物提取液、染毒载体、D/E中和肉汤，其中季胺类化合物提取液的浓度为0.1％‑10％；所述季胺类化合物提取液的制备方法包括以下步骤：步骤一、在干燥的反应器中，加入季胺类化合物和乙腈，搅拌至溶解。通过季胺类化合物提取液对HCoV‑229E冠状病毒进行灭活，达到了病毒平均灭活率大于99.99％的效果，同时利用D/E中和肉汤中和季胺类化合物提取液对HCoV‑229E的残留作用，且中和剂和中和产物对HCoV‑229E及细胞的生长基本无影响，进而解决了组合物用于制备药物或疫苗存在一定的副作用和安全隐患的问题。