本发明涉及面向星地融合组网的低轨卫星的时间同步方法及系统，所述方法依次包括时钟初始化模式和搜索切换模式；所述时钟初始化模式包括：当前低轨卫星开启时间同步设备，从多个时钟源头中，根据预设的阈值和预定的优先级依次判断，选取优先级最高的可用时钟对所有星内的时间同步设备进行时间同步，完成当前低轨卫星的开机；所述搜索切换模式包括：当前低轨卫星根据预设的阈值，持续判断多个时钟源头中优先级最高的可用时钟，并实时切换至优先级最高的可用时钟。本发明通过设置相关阈值的方法，实现低轨卫星的时间同步，可确保恶劣空间条件下低轨卫星高效、可靠的时间同步，并满足低轨卫星在高动态下的时间同步需求。