本发明提供一种EtherCAT与5G融合组网的时间同步方法，属于工业互联网与5G融合技术领域。所述方法包括：在EtherCAT与5G融合组网架构中增加时延测量模块，通过所述时延测量模块检测5G网络时延；根据检测到的5G网络时延，所述时延测量模块向各网段的EtherCAT主站发送时延补偿数值，主站将补偿时延后的主站时钟发送给其网段第一个从站，其他从站根据第一个从站时钟进行偏移补偿和静态漂移补偿；后续开始循环动态同步过程，所述时延测量模块动态检测5G网络时延变化情况，实现EtherCAT主站与从站间5G网络时延动态补偿。本发明能够提高EtherCAT与5G融合组网的时间同步精度。