本发明提供了一种考虑多种舒适度的综合能源系统多目标优化方法及系统，获取综合能源系统的运行参量数据；根据获取的运行参量数据，以综合能源系统运行成本最小、碳排放量最少和用户舒适度最好为优化目标，得到最优的能源转化设备的出力计划、百叶窗开合角度以及室内设定温度；其中，根据室内热舒适度、采光舒适度和用能舒适度确定用户舒适度；本发明能够有效辅助综合能源系统进行合理的优化调度，降低系统用能消耗，提升系统运行的经济性、环保性和舒适性，保障用户的用能权益。