本发明涉及色素加工技术领域，具体公开了一种辣椒红色素及其精制方法与应用。本发明的精制辣椒红色素的方法，以辣椒红色素为原料进行精制，将其与单双甘油脂肪酸酯初步混合后，在10‑20℃、搅拌转速为30‑60转/min下再进行充分接触混合，之后在3800‑4200转/min、10‑20℃下离心；原料与单双甘油脂肪酸酯的质量比为100：(2‑10)。获得的辣椒红色素适用于炸制裹粉着色，呈现效果与常规辣椒红色素与姜黄色素(有效着色成分比例为9:1)复配效果一致，但克服了姜黄色素光稳定性差的问题，同时精制得到的辣椒红色素克服了长期放置后易出现色素聚集物，影响裹粉着色的问题，此方法操作时间短、效率高，适用于工业化的大规模生产。