本发明公开了一种基于停顿步进旋转扫描的内窥OCTA成像方法及成像系统，根据导管的成像光斑大小和扫描内壁周长，确定电机步进的最大步长；通过停顿采集线数、采集时间、预设占空比、光源的扫描频率、电机的步距角确定步进电机驱动信号的时序，利用步进电机按照旋进时序带动导管旋进预设角度，至扫描位置时停顿；停顿时，触发OCTA光学成像模块，采集多条Aline数据；将多条Aline数据整合为内窥OCTA图像。采用步进停顿密集Aline扫描的方式，通过时序控制使步进旋转过程中不采集数据，实现了Aline扫描的稳定，排除了待测组织抖动对成像的影响。