本发明公开了一种阻燃可降解聚酯及可降解共聚阻燃剂制备的方法。所述可降解共聚阻燃剂的制备方法为通过将二元酸、二元醇与磷系阻燃剂先进行酯化反应，制备可降解共聚阻燃剂，将获得的产物用乙醇进行洗涤，经纯化去除未反应的小分子物质，通过干燥、磨粉操作，得到含有低聚聚酯链段的共聚阻燃剂粉末。将所得的共聚阻燃剂粉末加入到二元酸与二元醇的聚合反应中，得到阻燃可降解聚酯。本发明制备的可降解共聚阻燃剂可以提升可降解聚酯的阻燃性能，同时对可降解聚酯的其它性能无不良影响。本发明方法工艺流程简单，成本低，无毒环保，适宜于工业化生产。