本发明公开了一种2,4‑二氨基丁酸转移酶突变体基因及其应用，所述基因编码氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示的2,4‑二氨基丁酸转移酶突变体。该突变体基因应用于四氢嘧啶的合成，先通过构建2,4‑二氨基丁酸转移酶突变体基因EctBm、2,4‑二氨基丁酸乙酰转移酶EctA和四氢嘧啶合成酶EctC的表达框，共表达2,4‑二氨基丁酸转移酶突变体基因、2,4‑二氨基丁酸乙酰转移酶基因和四氢嘧啶合成酶基因，获得2,4‑二氨基丁酸转移酶突变体、2,4‑二氨基丁酸乙酰转移酶和四氢嘧啶合成酶，在此基础上，以葡萄糖或甘油为碳源，经一步法发酵大肠杆菌高效合成四氢嘧啶即可。该突变体与底物天冬氨酸‑β‑半醛具有较高的结合力，有效提高了四氢嘧啶的合成效率。