本发明公开了一种风力发电机组变桨控制停机保护方法及系统，属于风力发电机组控制技术领域，包括：判断叶片变桨需求平均速率是否小于需求变桨速率识别阈值；判断发电机测量信号变化加速度的加速度是否大于设定值；判断当前发电机转速是否大于发电机转速判断阈值；若三个判断结果为否，则对应的控制流程终止；若三个判断结果均为是，则变桨系统执行停机操作。本发明通过发电机转速实时运行数据及给定变桨指令判断其匹配关系，判断其根据转速波动情况匹配的变桨控制指令是否正确，如判断其并不匹配进行停机保护，保障机组正常安全运行。