本发明提供一种测量干湿球温度的波文比水热通量监测系统及方法，包括湿球测温风筒、干球测温风筒、支架、可伸缩通风系统和控制器；支架的两侧分别设有可伸缩通风系统，可伸缩通风系统设有伸缩套筒；一侧的可伸缩通风系统的伸缩套筒上下两端分别设有湿球测温风筒，另一侧的可伸缩通风系统的伸缩套筒上下两端分别设有干球测温风筒；湿球测温风筒内设有湿球红外测温仪，用于测量湿球温度；干球测温风筒内设有干球红外测温仪，用于测量干球温度；湿球测温风筒和干球测温风筒分别与可伸缩通风系统连通；控制器分别与湿球红外测温仪、干球红外测温仪和驱动电机连接。本发明有效提高干湿球温度的测量精度，进而提高对显热通量和潜热通量的测量精度。