本发明公开了一种水声通信收发系统及其数据传输方法。所述系统包括水声通信发射机、水声通信接收机以及分别与二者通信连接的上位机，上位机对水声通信收发机状态监测和控制反馈，进行收发协同水声通信实验，重传机制与命令校验可确保技术验证流程的稳健正确执行。通过命令转换和数据转换实现对收发端不同数据协议的信息获取。本发明联合收发两端，实现了对水声通信发射与接收机的设备状态监控，掌握设备参数与工作状态，通过反馈、重传与命令校验操作，实现收发端协同开展通信作业，并对采集数据帧进行数据转换，获取声压数据，解决仅针对单端设计的现有技术方案带来的操作冗余、低稳健性等问题。