本发明涉及一种硅片键合生产系统及硅片自动键合方法，包括键合分派装置、镜检分派装置和依次设置的派发装置、离子除尘装置、键合装置、镜检装置和下料装置;其中，派发装置用于将多个叠放的硅片载具一一传送出；离子除尘装置用于对硅片载具上的硅片进行离子除尘；键合分派装置用于对硅片载具进行分派至空闲的键合装置；多个键合装置用于对硅片载具上的硅片进行键合；镜检分派装置用于将硅片载具分派至空闲的镜检装置；多个镜检装置用于对硅片载具上的硅片进行质量检测；下料装置用于对硅片载具堆垛。本发明通过自动化线体将各个设备紧密连接在一起，然后再进行生产，降低运营成本，节省劳动力，使产品生产的效率和良率大幅提升。