本发明公开了一种深海浮标观测系统及其控制方法，深海浮标观测系统包括位于水面的浮标和浮筒，浮标和浮筒之间连接有锚链；浮筒的底部连接有系泊线，系泊线的底部连接有锚；悬挂观测系统，悬挂观测系统包括水下观测设备和动力装置，水下观测设备通过所述动力装置悬挂于浮标内，动力装置用于实现水下观测设备的上下移动。本发明的深海浮标观测系统通过动力装置实现水下观测设备的升降，从而可以实现水下悬挂观测功能。通过本发明的深海浮标观测系统的控制方法可以简化锚系部署的难度，优化深海浮标的单点系泊方式，可以控制悬挂观测系统的升降，避免锚系与悬挂观测系统缠绕，保证悬挂观测系统实现稳定有效的水下悬挂观测。