本发明公开一种基于无人船自动底泥采样的控制系统及方法，包括无人船，无人船包括无人船船体、无人船舱室、采样器装置、船体上的摄像装置，无人船船体上设置有声呐模块、红外探测模块、视觉识别模块、定位导航系统以及中央处理器；无人船船体尾部设置有水下动力装置；位于水下动力装置靠下方位置设置有采样器装置；采样器装置通过带线滑轮装置进行投放与回收，无人船船体与采样器装置之间还设置有软管装置，该软管装置一侧连接充气装置以及抽气装置，另一侧连接在设置在采样器装置内的气囊。本发明通过结合无人船和新型底泥采样器来进行底泥采样，进而极大提高采泥效率以及采泥稳定平衡。