本发明提供了一种化学品潜在长期健康危害分类预测方法、介质及系统，属于化学品危害技术领域，该方法包括：根据已知的化学品对人体的潜在长期健康危害类别，获取不同危害类别的代表性化学品组；对不同危害类别的代表性化学品组中的每种化学品，获取化学物质结构指纹特征；建立化学品潜在长期健康危害预测模型；获取待分析化学品的化学物质结构指纹特征；利用化学品潜在长期健康危害预测模型对待分析化学品的化学物质结构指纹特征进行分析，得到待分析化学品的潜在长期健康危害分类。本化学品潜在长期健康危害分类预测方法、介质及系统能够解决难以通过实验的方式来分析化学品对人体的潜在长期健康危害难以得到危害分类的技术问题。