本发明公开一种匹配区域产业链空间的交通网络优化方法及系统，属于区域间产业链领域。首先基于企业与交通网络空间关系的空间模型，建立产业链及交通网络结构化网络图，然后建立交通网络图层，计算各企业之间的运输成本、行程时间和拥堵指数，其次基于产业链及交通网络结构化网络图，建立交通网络优化模型，最后采用遗传算法求解所述交通网络优化模型，获得与产业链空间匹配的最优交通网络。本发明通过交通网络与产业链空间匹配，提升了区域间交通运输网络的效率。