本发明公开了一种灵芝菌株的高通量选育方法，该方法包括如下步骤：(1)对灵芝菌株G0023进行活化；(2)制备灵芝菌株G0023原生质体；(3)采用常压室温等离子体ARTP技术对灵芝菌株G0023进行诱变；(4)利用微生物液滴培养MMC系统进行高通量筛选；(5)验证筛选出的灵芝诱变菌株的生长性能。通过本发明的高通量选育方法，筛选到三个灵芝菌株，通过摇瓶传代5次发现三个灵芝诱变株的遗传性状稳定，可应用于灵芝产业中的生产和研究。