本发明公开了一种基于高频电压信号主动注入的交直流混合配电网故障控制方法、系统及装置，属于交直流混合配电网故障控制技术领域，包括响应于检测到交直流混合配电网的直流侧发生极间短路故障，控制电力电子变压器输出级的所有开关管关断，隔离短路电流；按照预设的生成信号控制策略，控制电力电子变压器输出级中各开关管的导通与关断，生成高频电压信号；按照预设的注入信号控制策略，控制电力电子变压器输出级中各开关管的导通与关断，将所述高频电压信号注入到所述直流侧；提取高频电压信号中的故障信息，根据所述故障信息生成控制信号发送给继电保护装置，通过继电保护装置正确切除故障；本发明提高了交直流混合配电网的运行可靠性。