本发明公布了一种风电机组的电能表容错运行控制方法，基于多电能表风电机组特性，采用一种故障时间容错机制，将故障本身鲁棒性扩大到系统级鲁棒性容错，实现在单块电能表异常的情况下，风电机组仍能进行容错非限功率运行，从而不至于故障停机。本发明针对目前绕组上网侧配备独立的网侧断路器的多绕组并联风电机组，利用变流器单绕组运行功能来实现在某套绕组电能表异常的情况下，即使风电机组容错运行超出最大容错时间，风电机组仍进行容错限功率运行。解决风电机组因单块电能表损坏造成的发电量过大损失问题。