本发明涉及协议安全分析的技术领域，公开了一种北斗授时协议安全分析方法，所述方法包括：利用北斗授时协议语义挖掘模型得到北斗授时协议的语义特征规范；将北斗授时协议测试数据集合随机拆分为多个测试子集合；对测试子集合中的语义特征规范进行安全性测试，对存在安全性隐患的语义特征规范按照支持度指导语义特征规范生成测试数据，利用所生成测试数据对语义特征规范安全性测试模型进行优化训练。本发明通过提取北斗授时协议的语义特征规范，利用存在安全性隐患的语义特征规范指导生成若干测试数据，避免所生成测试数据的随机性，并在模型优化训练过程中引入变异操作扩大了待优化参数的更新搜索范围，避免待优化参数陷入局部最优解。