本发明属于生物技术领域，具体涉及黑曲霉脂肪酶、编码基因及应用。针对在水相体系中酶促酯化反应研究较少的问题，本发明提供一种黑曲霉脂肪酶、编码基因及应用。其黑曲霉脂肪酶的氨基酸序列如SEQ ID No.1或SEQ ID No.2所示。本发明的脂肪酶在含有乙醇、丁酸、戊酸、己酸、庚酸和辛酸的水相体系中能合成丁酸乙酯、戊酸乙酯、己酸乙酯、庚酸乙酯和辛酸乙酯。本发明的脂肪酶用于白酒酿造的水相体系中催化合成重要风味酯己酸乙酯和辛酸乙酯，具有较好的工业化应用前景。