本发明提供了基于模糊学习的抗病毒药物筛选方法、系统及存储介质，属于生物信息学、计算生物学与人工智能交叉技术领域，方法包括：S1.构建病毒‑药物关联的邻接矩阵；S2.计算病毒高斯距离相似矩阵和药物高斯距离相似矩阵；S3.计算病毒基因序列相似矩阵和药物化学结构相似矩阵；S4.使用快速核学习方法整合得到病毒整合相似矩阵和药物整合相似矩阵；S5.基于前述整合相似矩阵计算病毒的模糊隶属度及药物的模糊隶属度；S6.使用模糊最小二乘支持向量机构造损失函数，求解得到病毒‑药物预测得分矩阵；S7.基于所述病毒‑药物预测得分矩阵，筛选排序后得到最终预测结果。本发明能高效、迅速地筛选出病毒有效治疗药物。