本发明公开了一种集成自适应相似患者图的疾病预测装置，先构建多个平衡的训练子集，然后训练相似患者图构建学习器，自动生成每个训练子集的最佳患者关联关系，再利用图神经网络算法共享关联患者之间的信息生成群体深度隐藏特征，在得到的群体深度隐藏特征上再进行一次患者关联关系和群体深度隐藏特征学习，最后针对新的患者，利用训练好的模型自动将其添加到多个训练子集中并自动生成与其他样本的关联关系和深度隐藏特征，用于疾病预测，可解决现有疾病预测装置处理不平衡数据时性能下降和无法有效共享患者之间信息的问题。