本发明公开了一种复合微生物菌剂及其制备方法与应用。本发明复合微生物菌剂，包括如下含量的组分：保水剂质量百分含量10％～20％；暗灰链霉菌有效菌终含量≥0.2亿CFU/g；弗氏链霉菌有效菌终含量≥0.2亿CFU/g；高地芽孢杆菌有效菌终含量≥0.2亿CFU/g；多粘类芽孢杆菌有效菌终含量≥0.2亿CFU/g；上述各菌的活菌数配比为1:1:1:1。本发明方法步骤如下：1)将暗灰链霉菌和弗氏链霉菌接种到高氏培养基中，培养，得到发酵液1；将高地芽孢杆菌和多粘类芽孢杆菌接种到LB和PD混合培养基中，培养，得到发酵液2；2)将发酵液1、2搅拌混合，并加入轻质碳酸钙，过滤，取滤液烘干，得到混合菌粉；3)将混合菌粉与保水剂混合，即得。本发明用于长柄扁桃苗期的定植，有效提升苗的成活率。