本说明书公开了一种跨机构的患者匹配系统和方法，本说明书实施例中跨机构的患者匹配系统包含多个医疗机构设备和区块链，在患者匹配之前，每个医疗机构设备对本地保存的患者的特征进行编码和加密，得到用于查找患者的索引密文，将对患者特征进行加密后的特征密文和索引密文保存到区块链上。在某个医疗机构设备需要进行患者匹配时，区块链将待匹配患者的索引密文与其他患者的索引密文进行匹配，确定出各候选患者，并将各候选患者的特征密文发送给该医疗机构设备，该医疗机构设备基于各患者的特征的相似度，选择出与待匹配患者属于同一患者的目标患者。在此过程中，区块链与医疗机构设备之间传输的数据均是加密数据，降低了泄露患者数据的风险。