本发明涉及基坑施工技术领域，提供一种基坑止水结构及其施工方法，该基坑止水结构应用于临海的抛石层，该基坑止水结构包括：灌注排桩，灌注排桩绕基坑边缘设置；第一旋喷桩，第一旋喷桩设置于灌注排桩桩之间，第一旋喷桩与灌注排桩咬合连接形成内侧止水帷幕，且第一旋喷桩采用旋挖钻引孔换填黏土后旋喷成桩；第二旋喷桩，第二旋喷桩设置于第一旋喷桩外侧，第二旋喷桩咬合连接形成外侧止水帷幕，且外侧止水帷幕与第一旋喷桩咬合连接。通过在基坑边缘设置灌注排桩，并以灌注排桩为基础设置两层旋喷桩，能够在潮汐水流作用下的抛石层稳定成桩，形成旋喷桩止水帷幕综合体，可以解决临海深厚抛石区止水帷幕施工困难，止水质量差的问题。