一种水上航行器阻拦系统，包括阻拦支架，控制装置，以及设置在所述阻拦支架上的若干个阻拦装置；所述阻拦支架沿航行器前进方向的两侧为承载支架，所述承载支架之间为阻拦通道，所述阻拦通道沿航行器前进方向末端为捕捉区域，航行器通过所述阻拦通道减速后在所述捕捉区域停止；所述阻拦装置设置在所述承载支架上，所述阻拦装置上设置有阻拦臂，所述阻拦臂向所述阻拦通道伸出，减速通过的航行器；所述控制装置驱动并控制所述阻拦臂的旋转和伸缩。本发明实现了水上航行器在通行范围内被约束，减速停止后等待捕捉回收。