本发明公开了一种发动机运行优化方法、装置、设备及存储介质，具体公开了：采集目标发动机在排放过程中排放流场的目标流场数据，以及目标发动机在运行过程中的性能参数，基于目标流场数据构建降阶模型，根据降阶模型对排放流场进行分析，确定排放流场的流场结构，基于性能参数和流场结构对目标发动机的运行参数进行优化；由于本发明通过对发动机在排放过程中的目标流场数据进行降阶分析，准确地分析出了排放流场的流场结构，从而实现了对发动机排放流场的准确分析，再基于流场结构和发动机运行过程中的性能参数对目标发动机的运行参数进行优化，从而有效地提升了发动机的性能，大幅提升了发动机的输出效率，降低了发动机污染物的排放。