本发明提供了一种基于公平的电力跨区域交换碳排放转移核算方法及系统，通过获取待分析区域和预设区域内除待分析区域外的其他区域之间的转移电量，以及待分析区域的全社会用电量、可比价区域内生产总值和电网排放因子；再根据待分析区域的全社会用电量和可比价区域内生产总值计算待分析区域的碳排放量分担比例；最后根据待分析区域和其他区域之间的转移电量、待分析区域的碳排放量分担比例以及待分析区域的电网排放因子计算待分析区域和其他区域之间的碳排放转移量。本发明结合电网排放因子对其排放量进行计算得到待分析区域的碳排放量以及整体的碳排放量，实现了电力跨区域交换下电力区域承接碳排放转移的核算，从而完善区域碳排放核算体系性。