本发明属于医学超声成像技术领域，提供了一种基于深度学习的柔性超声聚束成像方法及系统。该方法包括，获取柔性超声相控阵采集的人体器官超声图像，采用训练好的Encoder‑Decoder深度网络模型，得到超声图像；所述Encoder‑Decoder深度网络模型训练的过程包括：采用超声相控阵大数据队列仿真，得到原始超声聚束回波信号和相应的超声图像，构建柔性超声相控阵仿真大数据队列，以训练Encoder‑Decoder深度网络模型；其中，在采用超声相控阵大数据队列仿真时，针对同一虚拟超声扫描对象，获取从平面超声相控阵到最大凸曲率半径超声相控阵的超声图像。本发明提高了提升柔性超声相控阵的成像质量。