本申请涉及一种供热燃气锅炉自启动控制方法和系统，其中，该方法包括：设置全启动条件和半启动条件；当全启动条件都满足时，发出启动指令，并判断第一时间差是否小于最小预设值，若是，则直接启动锅炉吹扫程序，并根据第一时间差确定吹扫时间，若否，则先启动燃气锅炉主气阀组严密性检查程序，在检查通过的情况下，进行锅炉吹扫程序，其中，第一时间差是前一次的半启动完成时间距当前全启动时间的时间差；在严密性检查和吹扫都通过后，启动锅炉点火程序，若失败，则中断并退出启动程序，若成功，则进行稳定燃烧，并在完成稳定燃烧后，退出启动程序。通过本申请，不仅缩短了锅炉冷态启动时间，还降低了能耗，操作简单。