本发明公开一种跨机构医学知识图谱表示学习方法，通过让各家医疗机构将本地医学知识图谱同态加密后发送给第三方服务器，第三方服务器在加密条件下完成本地医学知识图谱之间的医学概念匹配，获得全局医学知识图谱，以扩充现有医学知识图谱中的实体和关系。本发明还提供了一种跨机构医学知识图谱表示学习系统。本发明的方法可以解决现有技术中各医疗机构之间因特有医学实体导致的医学知识图谱差异问题，从而获得跨医疗机构语义一致表达的医学实体嵌入表示。