本发明提出一种永磁发电机的故障诊断方法、装置、电子设备和存储介质，所述方法包括：获取永磁发电机模型在正常状态和故障状态下的气隙磁通信号和定子电流信号；对气隙磁通信号和定子电流信号处理得到气隙磁通信号和定子电流信号分别在时域、频域和时频域的统计特征；将统计特征输入多个机器学习算法进行训练和测试，并检验输出信号和各机器学习算法的准确性；基于输出信号和各机器学习算法的准确性，将输出信号分成训练数据集和测试数据集及确定目标机器学习算法；将训练数据集和测试数据集输入目标机器学习算法，以便采用目标机器学习算法在故障初始阶段在线识别永磁发电机的故障类型，从而精确地识别永磁体断裂、偏心和定子绕组匝间短路。