本申请涉及智能控制技术领域，提供一种分布式光伏电站的电能质量控制方法及系统。所述方法包括：对光伏电站应用数据信息进行分类整合，构建光伏电站控制策略数据库，再按照电能质量影响因素集合对光伏电站控制策略数据库进行聚类划分，并使用深度学习网络结构对划分后的光伏电站应用因素分类数据集合分别进行训练、融合，生成光伏电站自适应控制器集；基于光伏电站的属性信息和光伏电站自适应控制器集进行相似度匹配，并基于所匹配获得的目标自适应控制器对目标分布式光伏电站进行自适应调控。采用本方法能够达到通过构建自适应控制模型实现电能质量智能化高效控制，提高控制参数精确性和实时控制性，进而保证电能质量安全达标的技术效果。