本发明公开了一种换热系统管道水垢在线监测方法及系统，属于水垢监测技术领域。首先在管道上沿长度方向确定若干监测点，分别获取每个监测点处管道内的流速，并获取同一时刻管道进口处的流速；然后将每个监测点处管道内的流速与管道进口处的流速进行比较，将流速超过流速偏差阈值的监测点，确定为异常监测点；最后根据异常监测点的流速和管道进口处的流速计算得到水垢厚度，若水垢厚度超过预设的水垢厚度报警阈值，则发出警报。本发明实施简单、自动化程度高，能够对管道内的水垢厚度进行实时监测，定量计算出水垢厚度，并及时发出警报，能够指导日常防垢和后续的除垢工作，保证电站的安全稳定运行。