本发明提供一种矢量高精度地图加密方法、系统及存储介质，方法包括：提取矢量高精度地图中所有具有空间位置特征的图层，并将图层中要素的空间位置坐标转化到平面坐标下；对图层中每一个形点的坐标整型化；根据设定的精度损失、加密强度和秘钥，为每一个形点分配低位异或加密秘钥，基于低位异或加密秘钥，对每一个形点进行加密；对加密后的每一个形点坐标浮点化；根据设定的刚体变换参数对浮点化后的每一个形点坐标进行刚体变化，得到加密后的矢量高精度地图。本发明通过降低矢量高精度地图的精度方式进行加密，加密后的矢量高精度地图与原始的矢量高精度地图数据结构是一致的，并保持矢量高精度地图拓扑一致性，且具有可控精度。