本发明涉及一种三维面中部骨性标志点自动确定方法；该方法首先建立一例中国健康成年人面中部骨三维模板，并由医学专家确定面中部骨三维模板上相应解剖标志点位置及索引信息；第二步，基于非刚性配准算法实现面中部骨三维模板与患者个性化面中部骨三维数据的变形匹配；第三步，根据变形后模板上预标记的解剖标志点的索引信息，可以快速、批量地确定患者个性化面中部骨的骨性解剖标志点的三维坐标，从而实现面中部骨解剖标志点的确定；本发明能够实现符合医学专家定点效果的解剖标志点智能确定，能够为口腔临床提供有效的技术支持。