本发明公开了卡那霉素降解酶AquKGDγ基因及其应用。AquKGDγ基因的核酸序列如SEQ ID NO.2所示。AquKGDγ能将卡那霉素（氨基环醇4,6‑O‑氨基糖二苷）降解为氨基环醇6‑O‑氨基糖苷。卡那霉素经AquKGDγ降解后的产物失去了对细菌的抑菌活性，此外，对降解产物的细胞毒性进行评估，发现与同浓度的母体卡那霉素相比，毒性显著降低。该结果表明用AquKGDγ对环境中的卡那霉素进行降解修复时不会引起二次污染，具有应用可行性。