本发明公开了一种特大桥梁上跨分离式立交桥的安全防护方法及系统，涉及特大桥梁安全防护技术领域，该方法包括：获取第一目标桥梁的桥梁特征；获取第一匹配桥梁；向第一匹配桥梁对应的安全事故信息管理平台终端发送第一请求信息；当权限请求通过后，将安全监测模型进行存储，并引入第一损失函数对桥梁特征进行损失分析，输出损失数据；当损失数据区域收敛时，获取迁移学习后的安全监测模型；以迁移学习后的安全监测模型对第一目标桥梁进行安全监测。本发明解决了现有技术中存在桥梁防护监测模型构建周期长，安全防护质量低的技术问题，达到了提升安全防护质量，提高监测准确性的技术效果。